Надеюсь,я не ошибусь,изложив следующее:
Мария Ивановна,как мне кажется,то же один из главных персонажей.Она-то и является,по сути,капитанской дочкой.Кто читал произведение не мог упустить это из виду.Иван Кузмич-отец Марии-капитанБелгородской крепости.Отсюда и название.
Добавлю лишь,что видел информацию о том,что повесть так названа в попытке Пушкина завуалировать свое произведение от,страшной в то время,цензуры.И все же,многие склоняются к тому,о чем я писал выше - многие - если не все.Название очень часто отображает содержание,но часто ведь - не всегда.