Весной и осенью преобладают диатомовые водоросли, летом - перединиевые. Иногда наблюдается развитие сине-зеленых водорослей. Донная флора моря относительно бедная: бурые, красные и зеленые водоросли, морская трава, микроводоросли, а также бактерии. Развитие флоры Азовского моря в целом обеспечивает высокую степень развития биомассы зоопланктона (до 1,5 мг/м куб.), который включает около 400 видов - от одноклеточных до рыб и млекопитающих. Последние представлены в Азовском море одним видом — дельфин - азовка.