Подноготная правда- это та,которую добывали с помощью пыток ,загоняя иголки под ногти .Под пытками человек даже мог оговорить себя,но чаще сознавался в преступлении.
.Отсюда пошло выражение "ПОДНОГОТНАЯ ПРАВДА"
Правописание понятно - в основе лежит слово НОГОТЬ